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Le projet de thèse s'inscrit dans le cadre d'un projet national de recherche participative (projet ANR « Bakery ») qui vise à étudier la durabilité de la filière boulangerie à faible intrant. La diversité des microorganismes des levains naturels français a été caractérisée. Les objectifs de la thèse seront de comprendre les processus qui pourraient expliquer la distribution et le maintien de cette biodiversité. Pour cela, la thèse consistera à (i) analyser les flux microbiens le long de la filière boulangerie du blé au fournil en développant des méthodes statistiques adaptées (ii) tester l'impact du terroir, des variétés de blé et du boulanger (fournil, pratique boulangère) sur la flore des levains. Au final, ce projet permettra d'élargir les ressources génétiques et de réfléchir à des programmes pour conserver et valoriser la diversité microbienne des levains français. Pour répondre aux questions scientifiques de sa thèse, le doctorant étudiera la diversité microbienne des levains, farine, eau en mettant en œuvre des méthodes de méta-barcoding de communauté microbienne et également d'autres méthodes de génotypage microbien. Le savoir-faire acquis la première année sur la diversité et les flux microbiens pourra être appliqué aux levains expérimentaux mis en place pour tester l'effet terroir, blé et boulangers l'année 2 et 3. Ce projet sera mené dans deux laboratoires, le Laboratoire de Microbiologie Alimentaire et Industrielle à ONIRIS à Nantes (18 mois), spécialistes des bactéries lactiques et des procédés de panification, et l'UMR SPO à Montpellier (18 mois), spécialistes des levures et de génétique écologique. Il implique la participation de boulangers et le suivi des expérimentations sur le terrain « au fournil ». Les levains expérimentaux étudiés au cours de cette thèse seront aussi caractérisés au niveau fonctionnel (analyse des activités fermentaire et protéolytique, du contenu en sucres, vitamines, minéraux) par différentes équipes participantes au projet ANR et seront utilisés pour faire des pains expérimentaux analysés au niveau organoleptique (analyse des composés volatiles et test sensoriel).

• Période : 01/11/2015 au 31/10/2018
• Directrice de thèse : Delphine Sicard (UMR SPO, INRA Montpellier)
• Co-encadrant : Bernard Onno (ONIRIS Nantes)
• Contact : elisa.michel-at-supagro.inra.fr