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LEPSE

plateforme PHENOARCH

PhenoArch est une plateforme de phénotypage dédiée à l'analyse des détermismes génétiques de la réponse des plantes aux conditions environnementales en particulier la sécheresse, la température et la lumière. Elle est hébergée à l'UMR LEPSE, avec des utilisateurs appartenant à différents groupes de l'INRA et du CIRAD.
phenoarch overview

Vue d'ensemble de Phenoarch

PhenoArch est dédiée principalement à l'étude de la variabilité génétique mais peut aussi être utilisé pour analyser de larges collections de plantes transgéniques. Elle est basée sur la technologie Lemnatec avec des développements additionnels.

Ses principales caractéristiques sont :

  • Un débit de 1680 plantes, la taille d'un panel pour des études d'associations génétiques,
  • Le contrôle et la mesure des conditions environnementales ressenties par la plante avec une résolution temporelle de la minute,
  • Des mesures précises de l'architecture de la plante, la surface foliaire, la taille des organes, le volume des plantes (biomasse). Ces mesures à un pas de temps journalier sont couplées avec des mesures de la croissance et de la transpiration au pas de temps de la minute.
  • Une interface avec des modèles permettant d'analyser la complexité des jeux de données, et d'extraire les paramètres génotypiques pouvant être utilisés ensuite pour prédire le comportement des plantes étudiées dans différents scénarios climatiques.

PhenoArch vise à être largement ouvert à la communauté scientifique. Il s'intègre dans l’initiative française PHENOME (infrastructure nationale, investissements d'avenir), dans le projet d'infrastructure EPPN2020 ainsi que dans le réseau international IPPN.

Contexte

Etudier l'association entre les polymorphismes génétiques et les traits phénotypiques est un défi majeur dans les études génomique.
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Caractéristiques

Ses principales caractéristiques sont un débit de 1680 plantes, le contrôle et la mesure précise des conditions environnementales, des mesures...
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Equipements

Phenoarch est équipée d'un convoyeur à haut-débit, d'une station d'irrigation, d'un module de caractérisation de l’environnement, d'un module...
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Team

Une équipe pluridisciplinaire est dédiée à la plateforme. Elle assiste les utilisateurs lors de la mise en place, la conduite de...
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Applications réalisées

Applications réalisées

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Publications

Publications
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