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Inra Transfert Environnement

Plateforme de microbiologie moléculaire

La plateforme dispose également des outils d'analyses moléculaires permettant d'appréhender la microbiologie des écosystèmes complexes tels que l'air, l'eau, les surfaces, les effluents, les résidus, les bioprocédés, les matériaux de décoration ou de construction...

  • Laboratoire de microbiologie qui dispose de zones à usage spécifique (extraction d'ADN, salle blanche, salle de manipulations des ARN)
  • Thermocycleurs
  • PCR quantitative en temps réel sur des microorganismes ciblés (bioindicateurs de contanimation fécale, archées méthanogènes) ou bien sur la microflore totale
  • Séquençage haut débit
  • Empreintes moléculaires CE-SSCP (Capillary Electrophoresis-Single Strand Conformation Polymorphism)
  • Imagerie, microscopies optiques et à épifluorescence, stéréo-microscopie,...

 Nous proposons une approche de séquençage nouvelle génération (technologie GS-FLX 454 de Roche®), permettant, par des analyses bioinformatiques l'identification des microorganismes. Nous pouvons cibler les bactéries, les archées mais également les eucaryotes (champignons, levures, amibes...).

Il est ainsi possible d'étudier plusieurs organismes au cours d'un même projet, depuis leur identification jusqu'à la mise au point des bio-indicateurs permettant un suivi des microorganismes notamment pathogènes.

L'expertise d'INRA Transfert Environnement en bioinformatique sur la mesure quantitative de biodiversité, l'analyse de données de métagénomique et la construction d'arbres phylogénétiques vous donnera une image claire de la diversité génétique de la communauté microbienne que vous étudiez.

 

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