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La fermentation ou la méthanisation des substrats organiques implique l'activité et l'interaction d'une large palette de microorganismes. La plupart du temps, c'est la disponibilité d'un inoculum qui détermine son usage dans un bioprocédé, mais pas du point de vue de sa pertinence fonctionnelle. Nous travaillons à déterminer les principes écologiques qui permettraient de prédire la pertinence d'une communauté microbienne à dégrader un substrat donné. Actuellement, nous cherchons comment reconstruire des communautés avec une fonctionnalité désirée. Il est possible par exemple de forcer la coalescence de communautés par mélange de diverses communautés microbiennes complexes, ou bien de créer de nouvelles interactions (ex., parasitisme) dans des écosystèmes simplifiés synthétiques. Nous utilisons comme système modèle la fermentation ou la méthanisation.

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Jérôme Hamelin, Kim Milferstedt, Eric Trably