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Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement

Mesure et maîtrise de la diversité microbienne

Tout le monde s’accorde à reconnaître l’intérêt de la biodiversité pour garantir les services écosystèmiques. Comme de nombreux processus sont d’origine microbienne (transformation de l’azote, méthanisation, digestion, fermentations, etc), la caractérisation de cette diversité microbienne est un enjeux en soit et fait l’objet d’une attention particulière.

Typiquement, chaque méthode moléculaire d’analyse microbienne (empreinte des communautés, inventaire génétique par séquençage) a été analysée sur sa capacité à décrire fidèlement la diversité. Il ressort que même les techniques haut-débit les plus avancées ne permettent pas de dénombrer les espèces microbiennes présentent dans un échantillon avec certitude.

Malgré tout, les outils fantastiques à disposition nous permettent de décrire la dynamique des communautés et d’identifier les acteurs majeurs impliqués dans le fonctionnement des l’écosystèmes. L’objectif des recherches menées au laboratoire est de pouvoir maitriser, voire de pouvoir contrôler activement le devenir des communautés pour catalyser des bioconversions d’intérêt.

Les écosystèmes artificiels (simplifiés ou synthétiques) de dépollution, de production de bioénergie ou de molécules plateformes sont d’une part bien adaptés à l’expérimentation car le biotope est aisément maitrisable, contrairement aux systèmes digestifs animaux où de nombreux paramètres ne sont pas maîtrisables. D’autre part, les écosystèmes artificiels manipulés au laboratoire peuvent être déployés à plus grande échelle (pilote, installation industrielle) car il n’est pas fait usage d’organismes génétiquement modifiés.

Cette thématique de recherche fait appel à des compétences en écologie microbienne, microbiologie moléculaire, génie microbiologique, mathématique, physique et en modélisation.

Contact: Jérôme HAMELIN