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Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement

Contaminants microbiologiques

Les procédés qui traitent nos déchets, traitent aussi nos micro-organismes pathogènes. Quelles sont leurs propriétés d’hygiènisation ? et quel est le moteur de cette hygienisation ? L’effet des paramètres abiotiques, physico-chimiques, (température, oxygène, pH, UV, …) est connu mais l’effet des paramètres biotiques (prédation (protozoaire, virus)) ne l’est pas. 
Nous développons les axes suivants :

  • dynamique lors des traitements (digestion anaérobie, compostage, traitement des eaux usées…),
  • impact de la communauté microbienne sur la survie des pathogènes (déterminants biotiques),
    • quelle est l’espérance de vie d’un pathogènes
    • quels sont les prédateurs ; 
    • quels sont les mécanismes d’échappement (biofilm, internalisation dans les protozoaires, etc.)
    • comment peut-on mesurer et faire varier (amplifier) cette pression biotique.
  • induction d’un état Viable mais Non Cultivable (‘Viable But Non Culturable’) et lien avec les ‘recroissances’ observées sur les filières de traitement des déchets,
  • dissémination après aérosolisation (Bioaérosols),
  • développement de traceurs spécifiques de l’origine de la contamination (‘Microbial Source Tracking’).

Les bactéries étudiées sont les principaux pathogènes entériques (espèces pathogènes appartenant aux genres Salmonella, Campylobacter, Listeria), et les pathogènes pouvant induire des problématiques sanitaires lors des traitements ou de la valorisation (actinobactéries thermophiles lors du compostage, légionelles lors de la réutilisation des eaux usées). Les dynamiques des pathogènes sont étudiées à échelle réelle (stations d’épuration, plateformes de compostage, méthaniseurs) et à l’échelle laboratoire dans des microcosmes. Les techniques d’analyse sont moléculaires (PCRq, séquençage MiSeq). Des travaux sur l’effet des traitements sur l’antibiorésistance sont également en cours au laboratoire (contact : Dominique Patureau, MAXIP).

contaminants

Projets

  • ANR Phycover
  • Projet ADEME PRObiotic (APR CIDe) (2013-2016) : Dynamique des pathogènes lors du stockage des produits résiduaires organiques : influence des déterminants biotiques et de la biodisponibilité de la matière organique (INRA-LBE, Irstea Rennes)
  • Projet IRRIALT’EAU (2013-2018) Ressource en eau alternative en qualité et quantité maîtrisées pour l’irrigation de la vigne ; approche territorialisée menée par un consortium Entreprise-Recherche-Collectivité: VEOLIA EAU Région Méditerranée, AQUADOC, SCV La Cave de Gruissan, INRA LBE, Unité Expérimentale de Pech Rouge (UEPR), Communauté d'Agglomération du Grand Narbonne
  • Projet Agence de l’Eau RMC (2017-2020) Plateforme expérimentale de réutilisation d’eaux usées traitées en irrigation Murviel-lès-Montpellier (Irstea G-EAU, Hydrosciences Montpellier, INRA LBE, Institut européen de Membranes-IEM Montpellier, Irstea Lyon)

Publications significatives

  • Wery, N., Lhoutellier, C., Ducray, F., Delgenes, J.-P., and Godon, J.-J. (2008) Behaviour of pathogenic and indicator bacteria during urban wastewater treatment and sludge composting, as revealed by quantitative PCR. Water Research, 42(1-2):53-62.
  • Jeanneau L., Solecki O., Wery N., Jarde E., Gourmelon M., Communal P. -Y.,  Jadas-Hecart A., Caprais M. -P., Gruau, G., Pourcher, A.-M. (2012) Relative decay of fecal indicator bacteria and human-associated markers: a microcosm study simulating wastewater input into seawater and freshwater. Environmental Science & Technology, 46: 2375-2382.
  • Kacem, M., Bru-Adan, V., Goetz, V., Steyer, J. P., Plantard, G., Sacco, D., & Wery, N. (2016). Inactivation of Escherichia coli by TiO 2-mediated photocatalysis evaluated by a culture method and viability-qPCR. Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry, 317, 81-87.
  • Maynaud, G., Pourcher, A. M., Ziebal, C., Cuny, A., Druilhe, C., Steyer, J. P., & Wéry, N. (2016). Persistence and potential Viable but Non-culturable state of pathogenic bacteria during storage of digestates from agricultural biogas plants. Frontiers in Microbiology, 7.

Contact

Nathalie Wery et Jean-Jacques Godon