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Site internet de l'UMR Mistéa à Montpellier

Silex : Système d'Information pour L'EXpérimentation

Les données sont une richesse, elles constituent un maillon essentiel de la production scientifique dans un contexte de recherche de plus en plus collaboratif. L'objectif de SILEX est de proposer des méthodes et des outils pour permettre une exploitation efficace et une bonne mutualisation des données en agronomie et environnement.

SILEX un méta-projet collaboratif porté par l'UMR MISTEA et impliquant une équipe de développement issue d'unités partenaires avec pour thèmes le phénotypage de plantes, les bio-procédés et la viticulture. SILEX est constitué de composants logiciels mutualisés, de modèles et d'outils. Il aborde plusieurs aspects : mesures en-ligne, mesures hors-ligne, architecture, modèles de données et de connaissances, accès Web et traitements statistiques.

Silex-modules

Les collaborateurs

UMR MISTEA

Pascal Neveu, responsable scientifique et Maîtrise d'OuvrAge de SILEX
Anne Tireau, développeur d'applications et Maîtrise d'OEuvre de SILEX
Isabelle Nembrot, développeur d’applications - CDD IE depuis 2013UR LBE - Narbonne

UMR LEPSE - Montpellier

Vincent Nègre, administrateur des Systèmes d'Information du LEPSE
Jonathan Mineau, développeur d'applications - responsable du SI PhenoArch

Participants réguliers aux réunions et/ou développements : Thérèse Libourel (Lirmm), Juliette Fabre, Marie-Claude Quidoz (CEFE/CNRS), Eric Latrille (UR LBE), Jérome Duval (INRA Laons).

Anciens : Alexandre Mairin, Virginie Rossard (UR LBE Narbonne), Emilie Gennari, Mathias Chouet.

Stages

Chaque année, plusieurs étudiants en stages intègrent le projet.

  • Arnaud Charleroy - M2 Montpellier 2 - 2015
      Développement d'un SI de suivi en ligne de fermentations alcooliques - robot Alfis
  • Manuel Russelo - IUT Montpellier - 2015
  • Orane Bacchieri - M2 Montpellier 2 - 2014
      Développement d'un environnement d'annotation sémantique de fichiers tabulaires
  • Pierre Magnan - IUT Montpellier - 2014
      Développement d'une API de dépôt de fichier
  • Dimitri Dupuis - M2 Montpellier 2 - 2013
      Étude et mise en place d'une base de données NoSQL
  • Rider Carrion Clerger - M1 Montpellier 2- 2013
      Conception et développement d'un prototype de recommandation de contenu
  • Alexandre Mairin - M2 Montpellier 2- 2012
      Développement du Système d’Information "Vigne et Environnement"
  • Julio Ruiz - M2 Montpellier 2- 2012
      Conception et développement d'une architecture d'intégration de données hétérogènes

Systèmes d'Information et Applications

L'adoption du nom SILEX est récente. En effet, dès 2002, l'unité MISTEA développe la thématique "Gestion de données" avec le projet européen Télémac. Depuis, plusieurs Systèmes d'Information ont bénéficié des méthodologies et des développements mis au point

Alfis (Alcoholic Fermentation Information System)
 est un système d'information scientifique dédié à l'étude de la fermentation alcoolique. Il permet de gérer plusieurs milliers de fermentations réalisées à l'UMR SPO de Montpellier (volume 1L) ainsi qu'à l'unité expérimentale de Pech-Rouge à Gruissan (volume 100L).
 est un Système d'Information scientifique est dédié à l'étude du procédé de crème glacée. Développé en 2012 dans le cadre du projet EU CAFE, il gère les expérimentations faites par l'IRSTEA d'Anthony.

SILEX-LBE (Système d'Information pour L'EXpérimentation du Laboratoire Biotechnologie de l'Environnement)
Ce système d'information assure la gestion des données et le suivi en ligne de procédés de digestion biologique à partir d'effluent liquide ou de déchets solides de l'UR LBE de Narbonne. Silex-LBE permet l'acquisition de données en-ligne, hors-ligne ou complexe des 10 procédés (0,2 à 10 m³) en mode continu, discontinus ou semi-continus.

PHIS (Hybrid Information System about Phenotyping)
PHIS is an information system about plant phenotyping. It's an hybrid Information system using two different technologies to storage information : relational database and web semantic tools. PHIS is designed to manage three kinds of data : off line, in line and complex measure.
 est associée à un système d'information permettant le suivi en temps réel des expériences, les post-analyses de larges jeux de données (environ 700.000 points sont générés pour chaque expérience) et l'identification de paramètres genotypiques.
 (UMR LEPSE). PHENOPSIS DB fournit des ressources compréhensives pour l'analyse des interactions génotype x environnement chez cette espèce et combine des données phénotypiques avec les conditions climatiques de croissance associées précises.

PhenoArchDB
Ce système d'information du LEPSE fourni un outil de gestion de données et de connaissances pour la plateforme de phenotypage PhenoArch. Cette plateforme permet l'analyse de 1650 plantes, simultanément avec les conditions climatiques et l'état hydrique du sol mesurés toutes les minutes. Les plantes, qui peuvent être des céréales, de la vigne ou des petits arbres, sont cultivées en pots qui se déplacent sur des convoyeurs gérés informatiquement. La teneur en eau du sol est automatiquement contrôlée dans chaque pot par pesée et arrosage automatique pour obtenir une humidité cible pour chaque plante étudiée.
 est le cœur de plusieurs systèmes d'information dédiés à la gestion de données viticole(données de traçabilité essentiellement)  et œnologique (données d'analyses œnologiques). Parmi les extensions réalisées et en production à ce jour, nous trouvons SystemVigne et les Systèmes d'Information des projets Vinnotec, Pilotype, LepseVigne.

VitPhe
Initialement développé dans le cadre de l'ANR Vit-sec (étude de l'adaptation de la vigne à la contrainte hydrique), VITPHE est un système d'information dédié à l'archivage, la consultation et le traitement de données expérimentales issues de la vigne. Ce projet implique plusieurs partenaires dont les UMR LEPSE de Montpellier et EGFV de Bordeaux.

DESIRR (DEpôt Sémantique de Ressources R)
Cette application Web permet de partager, capitaliser, organiser et valoriser les scripts et fonctions écrits dans le langage de programmation statistique R. DESIRR est un dépôt "intelligent" de fonctions et d'annotations associé à des outils de recherche puissants qui s'appuient sur du raisonnement. Le système est mis en œuvre grâce aux technologies du Web Sémantique (RDF/S, OWL et SPARQL).

SG4T (Semantic Graphs For Traceability)
SG4T fournit une représentation de la traçabilité d'un lot alimentaire sous forme de graphes sémantiques. Ces graphes sont basés sur un système de connaissances mis en place grâce aux technologies du Web Sémantique. Ce système utilise le moteur d'inférence CORESE et il est composé d'une ontologie OWL spécifique et mise en œuvre sur un graphe de triplets RDF. Des règles ont également été spécifiées pour permettre l'inférence de nouvelles relations entre les lots et faciliter la détection de nouvelles propriétés de lots.

Vadrouyes (Enrichissement d'ontologies par la Visualisation et l'Acquisition de Données Sémantiques)
Gestion sémantique d’itinéraires œnologiques.