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Centre de Biologie pour la Gestion des Populations - UMR Inra, IRD, Cirad, Montpellier SupAgro

Clemente

Florian Clemente

Florian CLEMENTE
Courriel : florian.clemente(at)gmail.com
Fonction : postdoc
Sujet : Développement de logiciels afin d'analyser des larges séquences génomiques parmi différentes populations
Responsable CBGP : R. Vitalis
Financement : IBC
Dates : 7 juillet 2015 - 30 juin 2017                                       

Le développement rapide des technologies de séquençage à haut débit permet désormais d’accéder facilement et à moindre coût à une grande quantité d'information sur la diversité génétique des populations, non seulement chez des espèces modèles, mais aussi chez des espèces non-modèles.

Dans ce contexte, une caractérisation fine des régions du génome impliquées dans la dynamique de l'adaptation pour des caractères importants d'un point de vue agronomique ou écologique devient envisageable.

La recherche de telles signatures de sélection (naturelle ou artificielle) nécessite de distinguer parmi l'ensemble des forces agissant sur l’évolution des fréquences alléliques celles qui ont un effet global sur l'ensemble des marqueurs (migration et dérive) de celles qui ont un effet local (sélection et mutation).

L’enjeu principal de ce projet sera d'étendre les méthodes de recherche de signatures de sélection basées sur l'étude de la différentiation, en tenant compte notamment de l'information apportée par le déséquilibre de liaison, tout en garantissant leur application à des données issues du séquençage d’individus en mélange.