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Centre de Biologie pour la Gestion des Populations - UMR Inra, IRD, Cirad, Montpellier SupAgro

Jean-François Martin

Jean-François MARTIN
CBGP
755 avenue du Campus Agropolis
CS 30016
34988 Montferrier sur Lez cedex

Maître de Conférences, Montpellier SupAgro, département Biologie et Ecologie
jean-francois.martin(at)supagro.fr

Martin

Groupe thématique de rattachement :Origine et caractérisation de la biodiversité

Curriculum Vitae

  • Depuis janvier 2003 Maître de Conférences, Montpellier SupAgro/CBGP – département Biologie et Ecologie
  • 2002 – 2003 Postdoctorat, European Biological Control Laboratory (USDA)
  • 2000 – 2002 Postdoctorat, CSIRO European Laboratory
  • 1999 - 2000 Postdoctorat LECA (CNRS)

Recherche en cours
Je suis actuellement en transition entre deux thématiques de recherche. Je suis encore impliqué dans des programmes s'intéressant à l'architecture génomique de l'adaptation et de la spéciation mais je me dirige maintenant vers la caractérisation des composantes des communautés dans les écosystèmes et la compréhension de l’évolution des interactions qui les régissent. Les programmes de recherche actuels dans lesquels je suis impliqué comme porteur ou collaborateur reflètent cette évolution en cours.

  • Programme ANR Bioadapt GENESIS (2014-2017) : Rôle de la diversité génétique et de la plasticité phénotypique dans l’adaptation aux changements environmentaux: Une analyse génomique de l’invasion biologique. Responsable de Work-package. Responsabilité d'un postdoctorant.
  • Phylogeography and insect pests (2015-2016). Co-responsable du projet. Co-responsabilité d'un postdoctorant.
  • Projet étendard STRADIV (2015-2018) : System approach for the TRAnsition to bio-DIVersified agroecosystems, from process analysis to multi-scale co-conception with actors. Co-responsable de Work-package. Responsabilité d'un postdoctorant.
  • Programme du département SPE de l'INRA (2014-2015). Génotypage haut-débit sur amplicons viraux : des outils et des méthodes pour intégrer les processus intra-hôtes et inter-hôtes en épidémiologie végétale. En charge des méthodologies de caractérisation moléculaire des co-infections.
  • Projet de développement  d’un outil de diagnostic et étude de la diversité génétique d’un nématode phytoparasite Meloidogyne hapla par approches moléculaires combinatoires. Co-responsabilité de l'encadrement d'un étudiant de Master 2.

Au delà de ces thèmes principaux je suis impliqué dans plusieurs projets méthodologiques impliquant l'utilisation et le développement de méthodologies basées sur le séquençage haut débit dans un cadre de caractérisation de la biodiversité.

Enseignement à Montpellier SupAgro (198 heures)

  • Génétique des populations, évolution et écologie en L3 et M1.
  • Co-responsable du module de M1 Conservation de la biodiversité
  • Co-responsable du module de M1 Génétique des populations

E-learning

  • participation au projet de MOOC NECTAR avec un module de formation sur le barcoding environnemental
  • Responsable du projet PIPSA GENPOP : module francophone en e-learning au niveau L3 en génétique des populations

Workshop internationaux

  • projet NextGen european Workshop. Formateur sur les thématiques méthodologies HTS et séquençage d'amplicon

Responsabilités collectives

  • Membre élu du conseil de département Biologie et Ecologie, Montpellier SupAgro
  • Membre élu du Conseil des enseignants, Montpellier SupAgro

Publications significatives des cinq dernières années

Antoine Fraimout, Anne Loiseau, Donald K. Price, Anne Xuéreb, Jean-François Martin, Renaud Vitalis, Simon Fellous, Vincent Debat, Arnaud Estoup: New set of microsatellite markers for the spotted-wing Drosophila suzukii (Diptera: Drosophilidae): A promising molecular tool for inferring the invasion history of this major insect pest. European Journal of Entomology 07/2015;

Gregory Mollot, Pierre-François Duyck, Pierre Lefeuvre, Françoise Lescourret, Jean-François Martin, Sylvain Piry, Elsa Canard, Philippe Tixier: Cover Cropping Alters the Diet of Arthropods in a Banana Plantation: A Metabarcoding Approach. PLoS ONE 04/2014; 9(4):e93740. DOI:10.1371/journal.pone.0093740

S Piry, E Guivier, A Realini, J-F Martin: |SE|S|AM|E| Barcode: NGS-oriented software for amplicon characterization - application to species and environmental barcoding. Molecular Ecology Resources 07/2012; 12(6):1151-7. DOI:10.1111/j.1755-0998.2012.03171.x

Emese Meglécz, Nicolas Pech, André Gilles, Jean-François Martin, Michael G Gardner: A shot in the genome: how accurately do shotgun 454 sequences represent a genome?. BMC Research Notes 05/2012; 5(1):259. DOI:10.1186/1756-0500-5-259

Malé Pierre-Jean G, Martin Jean-François, Galan Maxime, Deffontaine Valérie, Bryja Josef, Cosson Jean-François, Michaux Johan, Charbonnel Nathalie: Discongruence of Mhc and cytochrome b phylogeographical patterns in Myodes glareolus (Rodentia: Cricetidae). Biological Journal of the Linnean Society 04/2012; 105(4):881-899. DOI:10.1111/j.1095-8312.2011.01799.x

Malausa Thibaut, Gilles André, Meglécz Emese, Blanquart Hélène, Duthoy Stéphanie, Costedoat Caroline, Dubut Vincent, Pech Nicolas, Castagnone-Sereno Philippe, Délye Christophe, Feau Nicolas, Frey Pascal, Gauthier Philippe, Guillemaud Thomas, Hazard Laurent, Le Corre Valérie, Lung-Escarmant Brigitte, Malé Pierre-Jean G, Ferreira Stéphanie, Martin Jean-François: High-throughput microsatellite isolation through 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing of enriched DNA libraries.. Molecular Ecology Resources 07/2011; 11(4):638-44.

Malausa Thibaut, Gilles André, Meglécz Emese, Blanquart Hélène, Duthoy Stéphanie, Costedoat Caroline, Dubut Vincent, Pech Nicolas, Castagnone-Sereno Philippe, Délye Christophe, Feau Nicolas, Frey Pascal, Gauthier Philippe, Guillemaud Thomas, Hazard Laurent, Le Corre Valérie, Lung-Escarmant Brigitte, Malé Pierre-Jean G, Ferreira Stéphanie, Martin Jean-François: High-throughput microsatellite isolation through 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing of enriched DNA libraries. Mol Ecol Res. Molecular Ecology Resources 07/2011; 11(4):638-44. DOI:10.1111/j.1755-0998.2011.02992.x

André Gilles, Emese Meglécz, Nicolas Pech, Stéphanie Ferreira, Thibaut Malausa, Jean-François Martin: Accuracy and quality assessment of 454 GS-FLX Titanium pyrosequencing. BMC Genomics 12:245. BMC Genomics 05/2011; 12(1):245. DOI:10.1186/1471-2164-12-245