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Centre de Biologie pour la Gestion des Populations - UMR Inra, IRD, Cirad, Montpellier SupAgro

Dorkeld

Informaticien, Bioinformaticien.

Description des activités de Franck Dorkeld

Bases de données :

Développements de bases de données pour la représentation et le stockage d'information concernant la systématiques : données phénotypiques et génotypiques.

Outils :

  • PostgresQL
  • Langages : Php,Perl,Python

Bioinformatique :

Installation de serveurs et d'outils destinés à l'analyse des séquences.

  • Galaxy

Reconstruction de séquences de NGS

  • Velvet 
  • Trinity
  • Soap Denovo 

Mise au point d'outils pour le barcoding

  • base de données
  • editeur d'arbres

Animation du CATI CAPGEN : 2008-2012

Le CATI bioinformatique CAPGEN a été créé à la demande des départements SPE et EFPA pour construire la charpente informatique du réseau de systématique R-Syst. Le réseau R-Syst concrétise une réflexion menée depuis plusieurs années entre les 2 départements, et il représente une volonté forte de l’INRA de consolider les connaissances de la communauté scientifique nationale en systématique.

Enseignement

  Dakar : introduction au bases de données génomiques pour la biodiversité : Dakar, Sénégal 2012